Atlantis emergerá de nuevo...
Tras el descubrimiento de un puesto avanzado antiguo enterrado en las profundidades del hielo antártico, el comando Stargate envía a un nuevo equipo de exploradores a través del Stargate a la lejana galaxia Pegasus.
Emergiendo en una abandonada ciudad antigua, el equipo rápidamente confirma que han encontrado la ciudad perdida de Atlantis. Pero, sumergida bajo el mar de un planeta alienígena, la ciudad está en peligro por una catastrófica inundación a menos que emerja a la superficie.
Las cosas van de mal en peor cuando el equipo debe enfrentarse a un nuevo enemigo conocido como los wraith que están decididos a destruir Atlantis.